La idea de constituir l’Associació s'origina al Departament d'Ecologia de la Universitat de Barcelona, on professorat i alumnat estudien la degradació dels espais fluvials de Catalunya durant les dècades dels 60 i 70 del segle XX i la seva incipient recuperació a finals del mateix segle.
Encoratjats per noves corrents sociopolítiques com la Directiva Europea Marc de l'Aigua i l'Agenda 21, es concep una iniciativa que combina la vessant ambiental amb la social, ideant així un gran projecte de participació ciutadana i voluntariat en l'anàlisi i seguiment dels ecosistemes fluvials: el Projecte Rius.
D’aleshores ençà la iniciativa s’ha mantingut ininterrompudament. També s’han dut a terme altres projectes d’educació ambiental, conservació i millora dels espais naturals a Catalunya.
Associació Hàbitats compta amb els següents premis i reconeixements: